发酵工程技术主要包括以下几个方面：

高性能生产菌种的选育与改造

菌种来源：从自然界中分离和筛选微生物菌株。

筛选方法：采用已知的分离方法和特殊的筛选模型，以加速目的生产菌种的筛选过程。

遗传改造：运用遗传学原理和技术对菌株进行改造，去除不良性质，增加有益新性状，以提高其产率和改善工艺性能。

发酵过程控制技术

环境因素：调节培养基能量物质的含量以及控制温度、pH等环境因素。

过程优化：选择适宜的微生物和培养条件，实现生物转化和产物合成。

产物提取与分离技术

分离方法：包括固液分离（离心、过滤、沉淀等）、细胞破壁（超声、高压剪切等）、蛋白质纯化（沉淀法、色谱分离法、超滤法等）。

纯化技术：最终产品的包装处理技术（真空干燥、冰冻干燥等）。

基因工程技术

基因编辑：通过直接对基因组进行改造来改变细胞的性状，提高发酵效率和产物质量。

代谢工程：利用现代分子生物学的方法来调控微生物的代谢通路，使其具有更好的生物合成能力。

计算机仿真技术

模拟与优化：利用计算机模拟真实环境下的发酵过程，分析和优化发酵参数，缩短实验周期，降低成本。

微流控技术

实时监测：通过微型化的流控系统实时监测和控制发酵的各个参数，如PH值、溶氧量、悬浮细胞密度等。

其他相关技术

生物传感技术：通过检测微生物代谢产物、酶的活性、细胞状态等，实现对发酵过程的实时监测和控制。

废水处理与再利用：应用于废水处理和环境修复等领域。

这些技术共同构成了发酵工程的核心，广泛应用于医药、食品、化工、环保等多个领域，为解决人类面临的能源、环境与健康三大危机提供了重要支撑。