工程款的支付流程根据不同的阶段和具体情况有所不同，但大体上可以分为以下几个步骤：

预付款支付流程

施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员。

预算办根据合同约定的预付比例审核预付款，签署申请表后交给财务部。

财务部复核后，交给总经理和董事长审批。

审批通过的申请表交给出纳安排付款。

进度款支付流程

施工单位先向工程部提交《工程进度款支付申请表》，并附上已完工程的预算书。

工程部审核当月完成的项目及相关工程量，审核完毕由工程部经理签字后交到预算专员。

预算专员审核已完工程量及工程预算价，确定当月完成工程造价，根据合同约定审批工程款，然后预算专员签字确认。

预算专员将签字确认的申请表上交财务部审核。

财务部审核无误后，将申请表交由总经理和董事长审批。

施工单位根据审核审批通过的申请表中的金额开具发票。

施工单位将审核审批通过的申请表及相同金额的发票上交到财务部。

财务部再次复核申请表的金额是否与发票金额一致，以及核对发票的各项内容后，交到出纳处办理该款项的转付。

结算款支付流程

工程竣工验收等程序履行完毕后，施工单位提起竣工结算书。

建设单位委托造价审计审定，确认无误后支付乙方竣工结算款项。

其他相关流程

施工单位在工程结算时开具建筑业统一发票，到建设单位结算工程款。

施工单位根据上月完成工程量，填报申请支付表，交总监理工程师审核，建设方审定，项目所在税务部门交税开发票，建设方法人代表在发票签字同意支付，最后建设方财务部门转账支付。

建议

提前规划：施工单位应提前规划好各个阶段的付款申请，确保按时提交相关表格和发票。

沟通顺畅：各相关部门应保持良好的沟通，确保审批流程顺畅，避免因沟通不畅导致付款延迟。

细致审核：在审核过程中，应仔细核对各项数据和发票内容，确保准确无误。

这些流程确保了工程款的支付既符合公司内部规定，又满足合同要求，保障了各方的权益。