在工程招标过程中，涉及的费用主要包括以下几项：

招标代理服务费

费用内容：招标代理机构接受招标人委托，从事编制招标文件（包括编制资格预审文件和标底），审查投标人资格，组织答疑、开标、评标以及提供招标前期咨询、协调合同签订等所收取的费用。

计算方法：按工程费用的0.2%计列。

招标交易服务费

费用内容：工程建设期间，项目所在地建设交易部门为工程招投标工作提供交易场所和为招投标服务而收取的费用。

计算方法：按建设项目所在地省（自治区、直辖市）有关规定计列。

购买招标文件的费用

费用内容：购买招标文件的费用，具体金额根据项目大小在400-3000元之间，有些项目可能免费。

计算方法：一般为100-2000元，具体金额看项目招标公告。

制作投标文件的费用

费用内容：制作投标文件的费用，如果自己制作则费用较低，如果请人制作可能需要几千元。

计算方法：标书制作费用在1000-3000元之间，具体金额视项目复杂程度而定。

投标保证金

费用内容：投标人需要缴纳的保证金，一般为控制价的2%，最高不超过80万元，未中标一周内会无息退还。

计算方法：一般为控制价的2%，最高不超过80万元。

交易中心综合服务费

费用内容：中标后需要缴纳的费用，一般为中标价的0.04%-0.06%。

计算方法：按中标价的0.04%-0.06%计列。

其他零星杂费

费用内容：包括吃饭、坐车等日常开销。

计算方法：根据具体情况而定，一般几千元。

资质费用

费用内容：如果借用他人资质投标，需要支付相关费用，一般为几千元。

计算方法：根据具体情况而定，一般几千元。

税费

费用内容：依法向国家缴纳的税费，包括外经证（企业所得税、工会经费、印花税）、增值税及其附加税等。

计算方法：根据项目类型和金额计算，具体税率和计算方法可参考相关税务法规。

建议在实际操作过程中，各方应明确各项费用的金额和支付方式，并在合同中详细列明，以确保透明和合规。