南水北调工程虽然为北方地区带来了宝贵的水资源，缓解了用水紧缺问题，但同时也存在一些危害和负面影响，主要包括：
生态环境破坏
上游方案：在长江和黄河源头，生态环境脆弱，一旦破坏，植被难以恢复。
下游方案：穿过长江中下游平原和华北平原，占用大量肥沃耕地，可能导致土地盐碱化和饮用水困难。
生物入侵：南方水体中的生物随河水传输到北方，可能导致水藻成灾，破坏当地生态平衡。
经济和社会影响
耕地占用：南水北调工程占用的耕地相当于一个山区小省的耕地，导致大批农民失去生活基础。
移民问题：工程实施涉及大量移民，搬迁给移民生活带来颠簸动荡。
经济成本：南水北调工程耗资巨大，调水量太少可能发挥不了经济效益，调水量过多则可能影响长江河道的航运和生态环境。
水资源分配问题
南方水资源浪费：南方流域水资源丰富，但每年有大量水流汇入大海，造成浪费。
北方水资源短缺：北方水资源匮乏，南水北调虽能缓解用水问题，但无法完全解决北方的水资源短缺问题。
其他潜在风险
水质问题：上游来水量减少，河流自然净化能力减弱，导致水质变差。
三峡工程影响：南水北调工程与三峡工程同时作用，可能对长江中下游地区产生难以估量的生态和航运影响。
综上所述，南水北调工程在带来显著经济效益的同时，也对生态环境、社会经济以及水资源分配等方面产生了多方面的负面影响。因此，在推进此类大型工程项目时，需要全面评估其利弊，并采取相应的补偿和治理措施，以减轻其带来的负面影响。
