做工程赔钱的原因有很多，以下是一些常见的原因：

预算不准确或遗漏

预算做的不准，存在很多疏漏，导致在工程开始之前就已经出现亏损。

中标后，甲方可能会要求降低合同价格，公司管理费也会占用一部分利润，导致实际利润远低于预期。

关系处理不当

忽视与监理、总包、项目经理等关键人物的关系维护，导致在工程推进过程中遇到不必要的阻碍和延误。

不愿意花钱去处理这些关系，因小失大，导致成本增加。

隐形成本过高

隐形成本包括居间费、窝工、停工、返工、二次搬运费等，这些成本在预算时往往被忽视。

工期延误会导致工人工资、带班工资等额外支出，增加成本。

材料和人工价格波动

对材料和人工价格走势判断不准确，导致在工程过程中出现成本超支。

采用了合同包干价，但实际执行过程中材料和人工价格大幅上涨，造成亏损。

资金垫付不足

垫资能力不足或不匹配，导致在工程关键节点无法支付款项，进而引发违约和罚款。

盲目承接大包工程，没有充分考虑自身的资金实力，导致资金链断裂。

管理不善

项目部没有制定和执行成本控制目标，导致成本失控。

材料和劳务管理不善，出现超额采购、人为操纵价格等问题，增加成本。

管理费用超出预算，影响项目整体经济效益。

政策和总包甲方原因

由于政策和总包甲方的原因导致工期拖延，产生额外费用。

项目出现安全和质量事故，需要支付高额赔偿。

低价中标

在激烈的市场竞争中，通过低价中标，但在执行过程中发现成本无法控制。

综上所述，做工程赔钱的原因多种多样，涉及预算、关系、成本控制、资金垫付、管理等多个方面。为了避免亏损，工程承包商需要在这些方面做好充分的准备和管理。