工程开票的科目取决于具体的业务场景和企业的会计政策。以下是几种常见情况的会计处理：

工程开票计入工程结算科目

工程企业在完成某项工程或服务后，向客户开具发票，涉及的款项通常需要计入“工程结算”科目。这一科目主要用于核算企业与客户之间的工程合同收入。

企业收到工程发票的处理

如果是企业收到工程发票，可以计入“在建工程”科目。

如果是房地产企业，收到工程发票可以计入“开发成本”科目。

支付工程款的发票处理

支付开票内容为工程款的发票，一般计入“费用-材料费”明细科目作为费用成本，也可以根据企业实际情况计入各种费用或材料采购科目。

应收账款和应付账款的处理

对方开具的发票内容为工程款，可以将其计入“应收账款”或“应付账款”会计科目中。具体分录为：

建设单位收到施工单位发票：借：应付账款，贷：银行存款。

施工单位收到建设单位发票：借：应收账款，贷：主营业务收入。

建筑工程开票的会计分录

借：在建工程（资产类科目），贷：应付账款（负债类科目）。

借：应付账款（负债类科目），贷：银行存款（资产类科目）。

销售发票的会计处理

施工企业如果开出销售发票，借：主营业务收入，应交税费-增值税-销项，贷：银行存款等。

综上所述，工程开票的科目选择应根据具体业务类型和企业的会计政策进行。一般情况下，工程开票可以计入“工程结算”科目，而企业收到的工程发票可以根据企业类型分别计入“在建工程”或“开发成本”科目。支付工程款的发票可以计入相关费用或材料采购科目，而应收账款和应付账款的处理则根据合同双方的收付款情况进行。