工程结算审计主要审查以下内容：

中间结算（含跨年）

检查工程形象进度的工程量，确保施工产值和预算成本的正确性、真实性和一致性。

核实本期应结工程价款净值是否与本期实际完成的施工产值或结算价值相符，包括扣除预收工程款、抵扣备料款、甲方材料款以及其他应扣款后的余额。

竣工结算

审查竣工质量验收和竣工决算的合规性。

评估未完部分尾工预提费用的合理性。

检查双方经济往来是否清楚，有无违反结算纪律行为。

编制依据

审核竣工结算编制依据，包括工程竣工报告、竣工图及竣工验收单、工程施工合同或施工协议书、施工图预算或招标投标工程的合同标价等。

确认资料是否齐全、手续是否完备，对遗留问题处理是否合规。

工程量

核定施工工程量，确保工程量计算表准确无误。

重点审核投资比例较大的分项工程，如基础工程、混凝土钢筋混凝土工程、钢结构等，以及容易混淆或出漏洞的项目。

费用计取

审核各项费用的计取，防止各种计算误差。

审查附属工程，确保费用计取合理。

施工企业资质

核实施工企业的资质，对挂靠、无资质等级及无取费证书的施工企业，应降低综合单价或审计确定综合单价及造价。

资料审核

审查所有与工程造价有关的资料，包括图纸、合同、变更签证、现场签证等，确保资料的真实性、有效性和可靠性。

对资料存在的问题进行质疑，并以书面联系函的形式要求业主回复及提供补充资料。

合同审核

仔细研究合同、协议、招投标文件，确定工程价款的结算方式。

根据合同的计价类型和调价条款进行工程价款审计。

费用审核

审核定额子目套用，防止高套定额、重复套用定额、调整定额子目、补充定额子目等行为。

审核材料价格，确保材料价格的真实性和合理性。

审核取费标准，确保取费合理且符合文件规定。

通过以上内容的审计，可以确保工程结算的准确性、合规性和真实性，有效控制工程造价，保障项目目标管理的最终实现。