发酵工程在多个领域都有广泛的应用，主要包括以下几个方面：
食品工业
生产传统的发酵产品，如啤酒、果酒、食醋等，提高产品质量和产量。
生产食品添加剂，例如L-苹果酸、柠檬酸、谷氨酸、红曲素、高果糖浆等。
单细胞蛋白的生产。
利用微生物发酵生产面包、酸奶、酱油等食品。
医药领域
生产抗生素、疫苗和维生素。
利用微生物发酵生产人胰岛素、乙肝疫苗、干扰素、透明质酸等新药。
化工领域
生产生物燃料和生物塑料。
生产可降解的生物塑料、化工原料（如乙醇、丙酮、丁醇、癸二酸等）。
生产生物表面活性剂及生物凝集剂。
能源工业
通过微生物发酵将绿色植物的秸秆、木屑、工农业生产中的纤维素、半纤维素、木质素等废弃物转化为液体或气体燃料（如酒精或沼气）。
利用微生物采油、产氢、产石油以及制成微生物电池。
环境保护
利用微生物净化有毒的高分子化合物，降解海上浮油，清除有毒气体和恶臭物质以及处理有机废水、废渣等。
农牧业
生物固氮、生物杀虫剂的应用和微生物饲料的生产，提高农业和畜牧业的产量。
冶金工业
微生物可用于黄金开采和铜、钢等金属的浸提。
新兴领域
随着生物技术的进步，发酵工程在生物医药、环境保护等新兴领域发挥着重要作用。
综上所述，发酵工程的应用领域非常广泛，涉及食品、医药、化工、能源、环境保护、农牧业等多个行业，并在这些行业中发挥着重要作用。随着科技的不断进步，发酵工程的应用前景将会更加广阔。
