工程资质的审批部门主要分为以下几类：

住房城乡建设部

申请住房城乡建设部审批的资质，可以通过企业工商注册所在地省级住房城乡建设主管部门提出申请。

国务院国资委直接监管的企业及其下属一层级的企业申请工程勘察资质、工程设计资质和建筑业企业资质（建筑业企业资质仅限国务院国有资产管理部门直接监管的12家建筑企业），可以通过国务院国资委直接监管的企业向住房城乡建设部提出申请。

省级及以下住房城乡建设主管部门

申请省级及以下住房城乡建设主管部门审批的资质，申报程序由省级住房城乡建设主管部门依法确定。

市、州、建设局

办理资质的企业要以法人名义向企业注册所在地的区县建设行政主管部门提出书面申请，区县建设行政主管部门同意后，上报地、州、市建设局，地、州、市建设行政部门审查合格并签署意见，报厅建筑管理处。

国务院有关部门

对于涉及多个专业的工程建设项目，需要多个专业的资质进行联合审批。

具体来说，住建部门负责施工总承包资质和专业承包资质的审批；交通部门负责公路交通工程专业承包资质的审批；水利部门负责水利水电工程施工总承包资质的审批。

行业组织或专家委员会

申请工程勘察甲级、建筑工程设计甲级资质及其他工程设计甲、乙级资质，由国务院建设行政主管部门委托有关行业组织或者专家委员会初审。

建议

企业在申请工程资质时，应当明确所需资质的具体审批部门，并按照相关规定提交申请材料。对于国务院国资委直接监管的企业，可以通过国务院国资委向住房城乡建设部提出申请，以简化流程。同时，企业应关注相关政策的更新和变化，确保资质申请过程顺畅。