农村清洁工程是针对农村生活环境脏乱差、农业环境污染问题突出以及资源浪费严重等状况，以村为建设单元，以“减量化、再利用、再循环”的清洁生产理念为指导，通过建立清洁的生产和生活方式，资源化利用粪便、污水、垃圾、秸秆等生产、生活废弃物，把“三废”（畜禽粪便、作物秸秆、生活垃圾和污水）变“三料”（肥料、燃料、饲料），产生“三益”（生态效益、经济效益、社会效益），以“三节”（节水、节能、节肥）促“三净”（净化田园、净化家园、净化水源），实现“三生”（生产发展、生活宽裕、生态良性循环）的目标的一项系统工程。
具体包括以下三大子工程：
农业生产清洁：
推广生态农业技术，促进农业生产和生活方式转变，减少农业面源污染，提高农业生产效率。
农村生活环境净化：
建设生活污水、生活垃圾、人畜粪便、作物秸秆等生产生活废弃物无害化处理和资源化利用设施，改善农村环境卫生状况。
农民生态文明意识提升：
通过教育和宣传，提高农民的环保意识和参与度，形成良好的生态文明习惯。
农村清洁工程旨在通过综合性的措施，从根本上改变农村脏乱差的局面，推进资源节约型、环境友好型新农村建设，促进农业生产和生活方式的转变，实现农村经济社会的可持续发展。
