工程存在审计风险的原因主要可以归纳为以下几点：

合同管理不规范

合同内容制定不严谨，条款表述不清，缺乏法律约束性，导致经济纠纷风险增高。

合同中未对人工及材料价格做出明确标注，若工期延误导致费用上调，补充协议可能不被审计人员认可，从而产生经济纠纷。

材料设备定价问题

施工期间材料价格波动大，若未及时备注调整价格，则竣工结算时造价不准确，可能引发审计风险。

施工方可能与供货方建立不合理的交易关系，使用虚假发票等手段制造假进购资料，增加审计结算风险。

审计人员素质问题

工程竣工结算审计工作复杂且专业性强，要求审计人员具备较高的专业知识基础。

部分审计人员可能缺乏专业胜任能力，对审计发现的问题“视而不见”或“知情不报”，导致审计风险。

各利益主体对审计要求的多样性

建设单位、施工单位、行业监管部门对审计的要求不同，导致审计结论和风险存在差异。

各部门最终往往将焦点集中在审计部门和人员身上，产生难以控制的风险。

内部审计职能扩展

内部审计不仅包括造价和资金使用上的监督与评价，还涉及项目管理的全过程跟踪审计。

随着审计职能的扩大，审计人员面临的风险也随之增大。

审计环境的影响

工程项目涉及多个部门和复杂的业务流程，外部环境中的市场竞争和信息失实可能增大审计风险。

建设单位内部相关部门对审计制度的遵守程度和管理人员素质也会影响审计风险。

固有风险

工程的结构与设计、施工技术与时间、预决算的准确性等固有因素，给工程造价带来影响的可能性。

审计控制风险

被审计单位在工程实施过程中内部控制宽严程度对工程造价高低产生影响。

审计检查风险

内审人员在实质性测试中，因自身因素（如职业道德和业务水平、审计重点和方法等）影响工程造价的可能性。

综上所述，工程审计风险的存在是由多方面因素共同作用的结果。为了降低审计风险，需要从完善合同管理、加强材料设备定价管理、提高审计人员素质、协调各利益主体的需求、扩展内部审计职能、优化审计环境、控制固有风险、加强审计控制以及提高审计检查质量等多个方面入手。