工程改造款的会计处理主要取决于改造的性质、金额大小以及是否符合固定资产的确认条件。以下是几种常见情况的处理方式：

工程改造支出

当企业对固定资产（如厂房、机器设备）进行改造时，改造款项应记录在“工程改造支出”科目中。这一科目用于核算与固定资产改造、升级相关的各项费用，这些支出通常会通过特定的会计期间分摊到相关资产的成本中。

在建工程

厂房改造等类似工程可以视为在建工程，通过在建工程科目进行核算。在建工程属于资产类科目，核算企业基建、技改等在建工程发生的价值。与固定资产有关的后续支出（如日常修理费、大修理费用、更新改造支出、房屋装修费用等）满足固定资产准则规定的固定资产确认条件的，也在在建工程科目核算；不满足确认条件的，应在“管理费用”科目核算。

专项应付款

如果公司收到的财政拨款是专项用途的，比如用于技术改造，则应该计入“专项应付款”科目。专项用途的财政拨款是指企业按规定实际收到的、用于特定项目的财政拨款。

长期待摊费用

对于商场装修改造等金额较大的支出，如果符合固定资产确认条件，则应计入固定资产账面价值；如果金额不大，可以直接计入当期费用。

固定资产更新改造支出

固定资产更新改造支出可以直接计入在建工程科目，并在改造完成后转为固定资产。具体会计分录包括：

改造设备转入在建工程：借：在建工程，累计折旧，贷：固定资产

支付外包改造款：借：预付账款，贷：银行存款

改造废品收入：借：银行存款，贷：其他业务收入，借：其他业务成本，贷：在建工程

支付外包尾款：借：在建工程，贷：预付账款，银行存款

完工结转固定资产：借：固定资产，贷：在建工程

建议

金额较大：如果工程改造款金额较大，建议先计入在建工程，并在改造完成后转为固定资产。

金额较小：对于金额较小的改造款，可以直接计入当期费用。

财政拨款：如果是财政拨款，需根据拨款性质（如专项用途）选择合适的科目进行核算。

根据以上信息，企业可以根据自身实际情况选择合适的会计科目进行工程改造款的核算。