工程审计的重点主要包括以下几个方面：

招投标合规性

审查招投标程序是否合规、合法，是否遵循“公开、公平、公正”的原则。

检查有无应招投标的项目未进行招投标，以及是否存在规避招投标的行为。

预算控制

核对工程结算总额是否超出预算总额，预算变更及调整是否经过适当审批。

审查单项工程和分项工程预算编制的真实性、准确性，以及预算定额选套的合规性。

签证手续完整性

检查签证单是否有业主代表、承包商、监理工程师的签字盖章，以及签证的真实性和一致性。

工程量核实

对工程量进行实地丈量、计算，确保工程量与签证相符。

材料与设备审核

审查合同价格的合理性，材料和设备的质量是否符合合同约定。

竣工决算审计

核定施工工程量，特别是投资比例大的分项工程和容易混淆的项目。

审核材料用量及价差，确保材料品种、规格、质量符合设计标准和国家规范。

工程类别与定额套用

审查施工单位的资质和工程类别，确保工程取费合理。

审核工程定额的套用，防止因定额缺项或使用条件不符而发生的高估冒算。

资料完整性与真实性

确保决算资料、竣工财务决算报表、说明书的完整性和真实性。

审查建设投资支出的真实性及合规性，以及竣工结算的真实性与合规性。

内部控制制度

评估建设项目内部控制制度的健全性、可靠性、有效性和效率性。

前期与施工阶段审计

审查建设项目的审批文件，包括项目建议书、可行性研究报告等。

把握项目法人质量控制、监理工作、施工单位选择等环节。

资金落实与合规性

审查建设资金的来源、落实及存储情况，确保资金满足项目建设需要。

检查各种规费的缴纳情况，以及征地或拆迁补偿费的合规性。

这些重点环节共同构成了工程审计的核心内容，旨在确保工程项目的合规性、经济性和效率性