工程审计应包含以下内容：

项目立项与规划审计

审查项目立项的合法性和合理性，确保项目符合国家政策、法规及行业标准。

检查项目规划、设计方案是否符合技术标准和行业规范，是否科学合理。

资金与预算审计

核实项目预算的编制是否科学合理，资金是否充分，是否符合项目实际需求。

审查项目资金的使用是否严格按照预算执行，是否存在浪费、挪用或其他不合规行为。

检查合同条款中关于付款、结算等方面的支付是否符合约定。

合同与招投标审计

审查招标程序是否公开、公正，是否遵循相关法规及行业规范。

检查项目合同是否明确权责，合同条款是否公平合理，是否对项目目标和各方责任进行了充分约定。

施工过程中的审计

监控工程进度，检查是否按计划推进，是否存在延误或超期现象。

对施工质量进行审查，确保工程质量符合设计要求和国家标准。

检查项目过程中是否存在未经批准的设计变更或施工变更，是否存在不合理的索赔行为。

对施工过程中产生的费用进行审计，确保支出的合理性和合规性，避免工程款项的虚增或浪费。

验收与竣工审计

对工程竣工后的最终结算进行审计，确保结算金额的准确性与合规性，防止虚报、漏报情况。

质量验收与安全审计，确保工程质量和安全符合标准和要求。

其他相关审计

审查决算资料的完整性、真实性。

竣工财务决算报表和说明书完整性、真实性审计。

各项建设投资支出的真实性、合规性审计。

建设工程竣工结算的真实性、合规性审计。

概算执行情况审计，包括实际完成投资总额的真实合规性审计，概算总投资、投入实际金额、实际投资完成额的比较，分析超支或节余的原因。

交付使用资产真实性、完整性审计。

结余资金及基建收入审计。

尾工工程审计，包括未完工程工程量的真实性和预留投资金额的真实性。

这些内容涵盖了工程项目从立项到竣工验收的各个环节，旨在确保工程项目的合法性、合规性、经济性及效益性。