工程审计的主要科目包括以下几个方面：
投资立项审计
审查工程建设项目预可行性研究阶段、可行性研究阶段及立项决策环节各项工作的程序履行、质量及绩效。
评估项目的决策程序和可行性研究报告的真实性、完整性和科学性。
勘察设计审计
监督和评价工程建设项目的勘察设计阶段各项工作质量及绩效。
审查勘察设计环节内部控制及风险管理的适当性、有效性，以及勘察、设计资料的真实性、充分性和可靠性。
招标投标审计
审查招标程序是否公开、公正，是否遵循相关法规及行业规范。
检查项目合同是否明确权责，合同条款是否公平合理，是否对项目目标和各方责任进行了充分约定。
合同管理审计
检查项目合同是否明确权责，合同条款是否公平合理，是否对项目目标和各方责任进行了充分约定。
工程物资审计
审计工程所需物资的采购、管理和使用是否符合相关规定，确保物资的真实性和合规性。
施工过程管理审计
监控工程进度，检查是否按计划推进，是否存在延误或超期现象。
对施工质量进行审查，确保工程质量符合设计要求和国家标准。
检查项目过程中是否存在未经批准的设计变更或施工变更，是否存在不合理的索赔行为。
工程造价审计
对施工过程中产生的费用进行审计，确保支出的合理性和合规性，避免工程款项的虚增或浪费。
审计工程竣工后的最终结算，确保结算金额的准确性与合规性，防止虚报、漏报情况。
工程财务审计
核实项目预算的编制是否科学合理，资金是否充分，是否符合项目实际需求。
审查项目资金的使用是否严格按照预算执行，是否存在浪费、挪用或其他不合规行为。
检查合同条款中关于付款、结算等方面的支付是否符合约定。
工程绩效审计
评估工程项目的经济效益和社会效益，审查项目绩效目标的实现情况。
验收与竣工审计
对工程竣工后的最终结算进行审计，确保结算金额的准确性与合规性，防止虚报、漏报情况。
进行质量验收与安全审计，确保工程质量符合设计要求和国家标准。
法律合规性审计
审查建设项目的审批文件，包括项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复等文件是否齐全。
确保项目符合国家政策、法规及行业标准。
通过以上各个方面的审计，可以全面评估工程项目的合法性、合规性、经济性及效益性，确保工程项目的顺利进行和高效完成。
