工程企业运营可以使用以下软件：

建米软件：

建米软件在工程行业中被广泛使用，提供了项目管理和企业运营管理的解决方案，包括项目计划、资源管理、成本控制、风险管理等功能。

SAP：

SAP是一家全球知名的企业管理软件公司，提供多种工程部企业经营管理软件解决方案，如SAP ERP和SAP Project System。

泛普软件：

泛普软件也是一家提供工程部企业经营管理软件的知名公司。

FileHold：

FileHold是一款受欢迎的工程项目管理工具，用于文档管理和项目协作。

Onbase by Hyland：

Onbase是一款企业应用程序平台，提供项目管理、文档管理、工作流自动化等功能。

用友畅捷通：

用友畅捷通旗下的好会计软件和好业财软件，分别集成了财务、采购、库存、销售和成本管理等多个功能，满足工程企业的各种管理需求。

益企联科技：

益企联科技提供工程项目管理软件，实现工程建设领域的数字化转型，提高工作效率和质量，降低成本和风险。

Autodesk BIM 360：

Autodesk BIM 360是一款建筑信息模型（BIM）软件，用于项目协作、设计管理和可视化。

Fieldwire：

Fieldwire是一款项目管理和团队协作工具，适用于施工工程企业。

蓝燕云：

蓝燕云提供专业的工程项目管理系统，专注于提升企业在项目管理中成本、进度、质量、安全、资料等全场景管理能力。

这些软件各有特点，可以根据工程企业的具体需求和规模选择合适的工具来进行运营管理。建议在选择软件时，考虑软件的集成性、功能全面性、用户友好性以及成本效益等因素。