工程审计可以由以下单位进行：

会计师事务所

会计师事务所拥有专业的注册会计师和丰富的审计经验，能够对工程项目的财务收支、账务处理等进行全面审查，确保工程资金的合理使用和财务数据的真实性。

工程造价咨询公司

这类公司的专业人员主要是工程造价师，他们专注于工程建设项目的造价管理和审计工作，能够对工程项目的工程量计算、工程计价、费用核算等进行精确审核，为工程结算提供准确依据。

工程咨询公司

工程咨询公司的业务范围较广，包括工程前期的可行性研究、项目评估，以及工程实施过程中的监理、审计等服务。其专业团队具备工程技术、经济管理等多方面的知识和经验，能够从工程建设的全过程角度进行审计，对工程的质量、进度、投资等方面进行综合评估，为项目的顺利实施和竣工验收提供保障。

内部审计部门

企业或单位的内部审计部门可以对自身的工程项目进行审计，他们熟悉本单位的内部管理流程和工程项目的具体情况，能够及时发现项目实施过程中存在的问题，并提出针对性的改进建议，有助于加强企业内部的管理和控制，提高工程建设的效益和效率。

政府审计机关

政府方面一般由各地审计局负责工程审计，包括工程造价审计和竣工财务决算审计。审计局无相关能力的往往委托中介机构审计。

独立审计机构

根据《中华人民共和国注册税务师法》、《中华人民共和国会计法》等相关法律法规，需要具备相应资质的审计机构才能从事审计业务。这些机构可以是注册会计师事务所、注册税务师事务所或独立的审计机构。

总结：

工程审计可以根据项目的性质、规模和需求，由会计师事务所、工程造价咨询公司、工程咨询公司、内部审计部门、政府审计机关或独立审计机构进行。选择合适的审计机构可以确保审计工作的专业性、准确性和可靠性。