哈尔滨工程大学未能入选985工程的原因主要有以下几点：
评选名额有限
同一地区受经济条件等因素影响，能支持985高校建设的数量相对有限。东北地区已经有5所985高校，因此哈尔滨工程大学作为部属高校，很难再度被评选为985高校。
发展速度慢，综合实力有所降低
虽然哈尔滨工程大学办学历史悠久，船舶与海洋工程专业实力强，但它的发展速度较慢。在高校改革过程中，哈尔滨工程大学被迫将军工研究部分拆开，只保留了船舶类的优势专业，综合实力有所下降。后期发展势力不足，使得它没有被评选入“985工程”的行列。
实力与当前知名度不符
哈尔滨工程大学现有两个国家级重点专业，七个教育部特色专业，十个国防特色学科，构建了“三海一核”特色学科专业体系，特色鲜明。然而，哈工程的知名度依旧不高，实力与名气不匹配，甚至不少外省的学生对这所学校了解甚微。
与哈尔滨工业大学的竞争
哈尔滨已经有一所顶级985大学——哈尔滨工业大学，全国只有39所985大学，分布很均衡。哈尔滨工程大学入选的机会就小了很多。在最新一轮学科评估里，哈工大有多个A类学科，而哈尔滨工程大学只有船舶与海洋工程和控制科学与工程分别得到A+和A-，学科实力悬殊，导致在评选时未能入选。
综上所述，哈尔滨工程大学未能入选985工程主要是由于评选名额有限、发展速度慢、综合实力降低以及与哈尔滨工业大学的竞争等原因。
