工程亏损的原因是多方面的，主要包括以下几个方面：

无成本控制目标或不执行

绝大部分亏损的项目部没有成本控制的总目标，或者虽有目标但不严格执行，导致成本失控。

材料和配件的超支是主要问题，实际成本比测算成本高出50%以上，甚至考虑变更设计增加成本后，实际成本也比测算成本高出30%以上。

材料采购及管理混乱

超额采购现象普遍，采购数量随意，缺乏计划性，导致材料积压和超支。

人为操纵价格，部分材料价格偏高且质量不达标，增加了工程成本。

预算不足或不合理

预算制定不当，未考虑所有可能的费用，导致项目中途资金不足。

预算与实际情况不符，造成资金浪费和亏损。

项目管理不当

进度、质量和成本控制不当，导致成本失控、进度延误、质量不合格等问题。

投标定价不合理，价格过低导致盈利空间不足，或价格过高失去竞争力。

材料和劳动力成本增加

成本控制不住，导致材料和劳动力成本增加超出预期。

风险控制不当

未进行合理的风险评估和控制，导致自然灾害、合同纠纷等风险带来的损失。

其他因素

垫资实力不行或不匹配，导致资金链断裂和违约罚款。

预算不准或不会预算，导致漏项和资金浪费。

忽略隐形成本，如居间费、窝工、停工、返工、二次搬运费等。

安全事故赔偿标准高，影响利润。

关系不到位，导致进度不顺畅和收不到款项。

回款问题，甲方拖延付款和“三角债”。

资源配置不合理和管理混乱，导致工作效率低下和成本增加。

合伙人之间的内部矛盾，精力内耗。

政策变动和总包方问题，导致工期延长和成本增加。

安全事故，造成额外支出和声誉影响。

综上所述，工程亏损的原因是多方面的，既包括管理层自身的主观原因，也包括客观环境的影响。要避免亏损，项目部需要建立严格的成本控制体系，合理制定预算，加强材料采购和管理，以及做好风险控制和资源整合。