建筑工程税务需要注意的问题较多，以下是几个关键方面：

发票管理

地材发票：建筑沙石、土方等地材发票可由自然人向主管税务机关申请代开增值税普通发票，作为企业所得税成本列支，但自然人不能申请代开增值税专用发票。

人工费发票：建筑企业人工费可以根据财税36号文规定，按照劳务分包开具增值税专用发票进行进项税额抵扣。

发票取得：企业应从正规渠道取得发票，避免取得虚开的票据。对于跨省项目，人员工资薪金所得应向所在地的相应机关办理全员全额扣缴明细申报。

税收征收方式

查账征收与核定征收：企业所得税的征收方式包括查账征收和核定征收两种。企业应建账建证，原则上实行查账征收。但在特定情况下，如存在税法规定的核定征收情形，税务机关可以依法进行核定征收。

纳税义务发生时间

及时申报缴纳增值税：在发生纳税义务时，企业应及时开具相应的票据并申报纳税。未及时申报缴纳增值税可能导致滞纳金和罚款。

简易计税方法

简易计税项目：建筑企业选择简易计税方法时，进项税额不能从销项税额中抵扣，已抵扣的要及时转出。简易计税方法适用于特定项目，如建筑工程老项目、甲供工程等。

环境保护税

环保税缴纳：建筑项目施工过程中产生的扬尘需要按季度申报缴纳环境保护税，具体根据每月确定的工程量、实际施工面积计算扬尘排放量。

合同与税率

合同管理：建筑企业应仔细审查合同条款，确保合同内容符合税务规定，特别是涉及税率和计税方法的部分。电子合同也需按规定缴纳印花税。

跨省项目税务处理

预缴税款：跨省项目在建筑服务发生地或机构所在地预缴税款，不同计税方法的项目预征率不同，企业需准确把握政策规定。

税前扣除凭证

凭证合规性：企业应确保所有税前扣除凭证的合法性和有效性，避免因凭证不合规而产生税务风险。对于不合规的发票，应及时补开或换开，并提供相关资料证实其支出真实性。

税务风险管理体系

建立风险管理体系：企业应建立完善的税务风险管理体系，持续从源头上识别和控制税务风险，及时整改发现的问题，并从制度层面进行有效防范。

综上所述，建筑工程税务需要注意的问题涵盖发票管理、税收征收方式、纳税义务发生时间、简易计税方法、环境保护税、合同与税率、跨省项目税务处理、税前扣除凭证以及税务风险管理体系等多个方面。企业应严格遵守相关税法规定，加强内部管理和风险控制，确保合法合规经营。