工程审计应审计以下科目：

项目立项与规划审计

立项合规性审查：确保项目符合国家政策、法规及行业标准。

规划审计：检查项目规划、设计方案是否符合技术标准和行业规范。

资金与预算审计

资金预算审查：核实项目预算的编制是否科学合理，资金是否充分。

资金使用合规性审查：审查项目资金的使用是否严格按照预算执行。

资金支付审计：检查合同条款中关于付款、结算等方面的支付是否符合约定。

合同与招投标审计

招标审计：审查招标程序是否公开、公正，是否遵循相关法规及行业规范。

合同审计：检查项目合同是否明确权责，合同条款是否公平合理。

施工过程中的审计

工程进度与质量审计：监控工程进度，检查是否按计划推进，施工质量是否符合设计要求和国家标准。

变更与索赔审计：检查项目过程中是否存在未经批准的设计变更或施工变更，是否存在不合理的索赔行为。

费用审计：对施工过程中产生的费用进行审计，确保支出的合理性和合规性。

验收与竣工审计

竣工结算审计：对工程竣工后的最终结算进行审计，确保结算金额的准确性与合规性。

质量验收与安全审计：确保工程质量符合设计要求和国家标准，检查是否存在安全隐患。

其他相关审计

决算资料的完整性审计：确保所有决算资料齐全、真实。

竣工财务决算报表和说明书完整性、真实性审计：核实报表和说明书的真实性、完整性。

建设投资支出的真实性、合规性审计：确保各项建设投资支出合法、合规。

建设工程竣工结算的真实性、合规性审计：核实竣工结算的真实性和合规性。

概算执行情况审计：检查项目概算的执行情况，是否存在超支现象。

交付使用资产真实性、完整性审计：确保交付使用的资产真实、完整。

结余资金及基建收入审计：审计项目的结余资金和基建收入情况。

尾工工程审计：对未完成的工程部分进行审计，确保按计划完成。

这些科目涵盖了工程项目的各个方面，旨在确保项目的合法性、合规性、经济性及效益性。通过这些审计，可以有效监督项目的实施过程，防止浪费和违规行为，保障项目的顺利进行和资金的安全使用。