工程审计的主要内容包括以下几个方面：

建设准备情况审计

审计建设项目的审批文件，包括项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复、建设用地批准、建设规划及施工许可、环保及消防批准、项目设计及设计图审核等文件是否齐全。

招标投标审计

审计工程项目的招标程序、质量、绩效，审查招投标资料的完整性和可靠性，招投标过程及结果的真实性、合法性、合规性等。

经济合同审计

审计建设项目的合同管理，包括合同双方的权利和义务是否符合法律规定，合同是否规范、合法有效，是否建立了质量管理制度，是否组织了设计与施工单位的设计交底等。

勘察设计审计

审计工程建设项目的勘察设计阶段各项工作质量及绩效，审查勘察设计环节内部控制及风险管理的适当性、有效性，勘察、设计资料的真实性、充分性和可靠性等。

施工过程管理审计

审计施工准备阶段的质量控制、监理工作、施工单位选择等，确保项目法人质量控制是否通过资质审查，是否按法定的招投标程序选择了勘测、设计、施工、监理单位并实行合同管理。

工程造价审计

审计工程项目的投资立项、工程管理、造价管理、竣工验收等，确保工程项目的成本、进度、质量等方面符合预期。

工程财务审计

审计建设项目的财务收支情况，包括决算资料的完整性、竣工财务决算报表和说明书的真实性、建设投资支出的真实性、合规性、建设工程竣工结算的真实性、合规性等。

工程绩效审计

审计工程项目的社会效益和经济效益，评估项目的决策程序和可行性研究报告的真实性、完整性和科学性，审查项目是否达到预期的绩效目标。

变更和签证审计

审计工程变更和签证，确保变更和签证的合规性、合理性，防止擅自扩大拆迁范围、提高标准或者降低标准等问题。

资金监督

审查被审计单位在建设项目过程中的财务会计信息，揭露建设过程中资金使用过程中的违法违规行为，保证资金的合理高效利用。

通过这些方面的审计，可以确保工程项目的合法性、合规性、效益性，并发现潜在的问题和风险，从而提高工程项目的整体管理水平。