干工程结帐难的原因是多方面的，以下是一些主要原因：

结算操作困难

工程结算的具体操作未在合同签订时明确，如付款时间、支付比例等。

变更部分扣除比例及支付方式未在合同中做具体约定，导致结算过程复杂。

专业人才匮乏

项目上工程管理人员多为施工技术人员和预算员，对工程结算过程中的清单计量、索赔、变更及合同管理知识甚少，制约了过程结算的顺利实施。

认知局限

建设单位、施工单位及监管单位对工程结算的理解局限在工程完工后，过程结算不够重视。

大量资料文件时间一长，发生纠纷取证难，审计慢，导致中小企业被拖欠工程款。

合同条款法律欠缺

工程承包合同条款本身存在法律欠缺，实际中甲方处于强势地位，乙方处于弱势地位，导致越早结算对承包方越有利。

签证把握不当

施工单位管理不完善，追求工程质量和进度而忽视了要钱的签证，导致后期结算困难。

层层转包和肢解工程

层层转包和肢解工程使分包合同的法律约束力降低，直接导致工程难度加大，每转包一次，合同约束力就降低一次。

垫资问题

许多开发资金不足的房地产开发企业借施工单位的资金盖房，导致施工单位资金链紧张，影响工程款的回收。

江湖气重、人际关系复杂

工程行业中人际关系的重要性不言而喻，许多工程老板为了确保工程款的顺利回收，不惜投入大量资金去“搞定”关键人物，这种做法存在很大的不确定性。

心态上不敢得罪甲方

许多工程老板在面对工程款回收问题时，往往采取忍让的态度，不敢轻易得罪甲方，导致甲方对工程老板的权益不够重视。

对法律途径的误解和成本顾虑

一些工程老板出于成本考虑，不愿意或不敢请专业的建工律师介入，导致工程款回收问题难以解决。

综上所述，干工程结帐难的原因主要包括结算操作困难、专业人才匮乏、认知局限、合同条款法律欠缺、签证把握不当、层层转包和肢解工程、垫资问题、江湖气重、人际关系复杂、心态上不敢得罪甲方以及对法律途径的误解和成本顾虑等多方面因素。建议从完善合同条款、培养专业人才、加强过程结算管理、提高透明度、适时沟通、明确法律责任等方面入手，以解决工程结帐难的问题。