根据教育部公布的第四轮学科评估结果，国内软件工程专业最好的大学有以下几所：

北京航空航天大学：

被教育部评为A+，综合教学实力全国第一，尤其在嵌入式系统、航空航天软件等方面具有独特的教学经验。

浙江大学：

同样被评为A+，软件工程专业实力强劲，注重培养学生的创新思维和实践能力，在人工智能、大数据处理等领域有独特的教学优势。

国防科技大学：

作为军事院校，其软件工程专业注重培养学生的系统设计和安全防，同样被评为A+。

北京大学：

软件工程专业被教育部评为A，依托其强大的计算机科学基础，注重理论与实践相结合，培养了大量优秀的软件工程人才。

清华大学：

软件工程专业拥有雄厚的师资力量和先进的教学设施，科研成果丰硕，毕业生就业前景广阔，在多个排名中均位列第一。

华东师范大学：

软件工程专业被教育部评为A，综合教学实力强大。

南京大学：

软件工程专业被教育部评为A，注重理论与实践的结合，拥有多个国家级科研项目和实验室。

武汉大学：

软件工程专业被教育部评为A，综合教学实力强大。

此外，其他一些在软件工程专业表现优秀的大学包括：

上海交通大学：

在多个排名中均位列前十名，拥有高水平的师资队伍和科研平台，注重培养学生的创新思维和工程实践能力。

哈尔滨工业大学：

在多个排名中表现优异，尤其在航天领域具有显著优势。

建议在选择软件工程专业的大学时，可以优先考虑上述几所被教育部评为A+和A的大学，这些学校的软件工程专业在教学质量和科研实力方面均处于国内领先地位。同时，也可以根据个人的兴趣和职业规划，综合考虑其他因素，如地理位置、学校特色、就业前景等。