制药工程考研的方向主要包括以下几种：

药学专业：

药学专业是制药工程中最常见的考研方向，主要学习药学的基本理论和基本知识，培养能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事鉴定、药物设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。

中药专业：

中药学专业主要学习中药学的基本理论和知识，培养具备中药鉴定、中药制备以及中药炮制的基本能力，能在中药生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事中药鉴定、设计、制剂及临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。

微生物与生化药学专业：

该专业主要研究微生物与生化药物的相关知识，培养能在科研与开发生产领域从事微生物药物、生化药物的研究、开发、生产及管理的高级专业人才。

药理学专业：

药理学是研究药物与生物体相互作用的科学，该专业培养能在科研、教学、企事业单位从事药物作用机制研究、药物评价、药物代谢、临床合理用药等方面工作的高级科学技术人才。

药剂学专业：

药剂学是研究药物制剂基本理论、处方工艺、制备工艺、质量控制和合理使用等内容的学科，该专业培养能在药品生产、检验、流通、使用和研究与开发领域从事药物制剂设计、制备、质量控制等方面工作的高级科学技术人才。

药事管理专业：

药事管理专业主要学习药品的注册、生产、流通、使用、价格、广告等方面的管理知识，培养能在药品监督管理、药品经营、药品研发等领域从事药事管理工作的高级管理人才。

发酵工程专业：

发酵工程专业主要研究生物发酵及其相关过程，培养能在生物制品、生物制药、食品、环保等领域从事发酵产品的生产、研发、设计、管理等方面工作的高级工程技术人才。

化学工程专业：

化学工程专业涵盖化学工程、化学工艺、化工机械、化工自动化与仪表等学科，培养能在化工、石油、医药、环保等领域从事产品与工艺开发、装置设计、生产过程控制等工作的高级工程技术人才。

建议学生在选择考研方向时，结合自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的专业。例如，如果对药物研发和药物设计感兴趣，可以选择药学专业或药物化学专业；如果对生物制品和生物制药感兴趣，可以选择微生物与生化药学专业；如果希望从事药品管理和质量控制工作，可以选择药事管理专业。