红旗河工程虽然具有巨大的水资源调配潜力，但也存在一些显著的弊端：

地质环境破坏大：

红旗河工程线路长，经过的区域生态环境脆弱，地质裸露多且易于风化剥蚀，不利于人工河的保护。这不仅增加了建设成本，还可能带来长期的维护难题。

投资成本高：

据估算，红旗河工程将耗资一万亿人民币，这将对国家财政造成巨大负担。此外，建设期长且见效慢，进一步增加了资金成本和时间成本。

水资源有效利用率低：

红旗河虽然理论上可以每年向新疆输送700-1000亿立方米的水，但由于取水水位较低，实际到达新疆的水量可能远低于此数。此外，漫灌方式的水资源利用率低，水资源浪费严重。

后期维护成本高：

红旗河全长6188公里，沿途需要经受复杂地质环境的考验，每年还需投入大量人力物力进行维护。后期维护成本高昂，可能成为国家财政的沉重负担。

生态和政治影响：

红旗河工程涉及生态环境保护和政治稳定问题，目前仍在研究阶段，开工日期未定。这些问题为工程的推进带来了很大阻力。

水价问题：

如何对几千万农牧民家庭收取水费也是一个难题。漫灌方式的水价难以确定，且农牧民可能无法承担高昂的水费，导致水资源利用效率低下。

渗漏水量处理：

红旗河渠道漫流漫灌，渗漏到地下的水量几百亿方，如何回收这部分投资也是一个问题。

综上所述，红旗河工程虽然具有巨大的水资源调配潜力，但由于投资成本高、地质环境破坏大、水资源利用率低、后期维护成本高以及生态和政治影响等问题，其实施仍面临诸多挑战。