发酵工程中使用的设备主要包括以下几种：

好氧发酵设备

粪便发酵罐：专门用于处理畜禽粪便，采用密闭罐体结构，通过搅拌装置和曝气系统提供充足的氧气和营养物质，促进粪便的快速分解和腐熟。具有高效性、环保性和自动化等特点。

污泥好氧发酵立式设备：针对污泥处理而设计，采用立式罐体结构和自动化控制系统，实现污泥的高效、环保处理。具有占地面积小、处理效果好和运行成本低等优势。

通风搅拌罐：发酵工业上最常用的设备之一，通过机械搅拌促进发酵液中氧气和培养基的充分混合，提高微生物的代谢活性和产酸/产碱能力。适用于微生物发酵、污泥处理及发酵制剂的生产。

气提式发酵罐、 压力循环发酵罐、 带超滤膜的发酵罐：其他型式的发酵罐，适用于不同的发酵需求和工艺。

辅助设备

无菌空气系统：提供无菌空气，保证微生物生长的需要。

培养基配制和灭菌系统：用于制备和灭菌培养基。

发酵车间的管道及阀门：保证生物体的生长特性和要求，满足生物体生长所需的温度、湿度、氧气含量等条件。

其他设备

槽式翻抛机、 轮盘式翻抛机、 履带式翻抛机：用于有机废弃物的发酵翻堆，提高发酵效率和均匀度，广泛应用于有机肥厂、复混肥厂等。

发酵罐：用于有机废弃物的密闭有氧发酵，如博龙有机肥发酵罐，适用于畜禽粪便、污泥垃圾、秸杆锯屑等的发酵腐熟。

呼吸袋：用于厌氧发酵过程中的气体交换。

自动定量打包称：减少人工操作，提高生产效率。

根据具体的发酵需求和规模，可以选择合适的发酵设备。例如，对于大规模的有机废弃物处理，可以选择高效、环保的粪便发酵罐或污泥好氧发酵立式设备；对于实验室或小规模生产，可以选择通风搅拌罐或移动式发酵罐；对于需要高自动化程度的场合，可以选择自动化发酵罐。