工程审计问题存在的原因是多方面的，以下是一些主要原因：
审计方与施工方之间的私下交易
审计方有时会向施工方提供一份减额很大的审计结果，而不通知甲方。施工方为了接受这一结果，可能会与审计方私下协商并支付一定费用，以换取审计方放宽要求。这种操作会导致审计结果失去公正性，损害甲方的利益。
施工方追求利润最大化
施工方有时会通过夸大或重复计算工程量来获取更高的利润。他们可能会在竣工结算时混淆视听，欺骗甲方和审计单位，从而多获取款项。
审计工作完成后的不配合行为
如果甲方未能按时支付工程款或支付金额差距较大，施工方可能会选择不向甲方提供施工资料，以此限制甲方的行动，使其无法正常进行验收，导致工程无法顺利结束。这是一种迫使建设单位支付工程款的手段。
各利益主体对审计工作的多样性要求
建设单位、施工单位、行业监管部门等对建设工程审计的要求不同，导致审计的结论和风险也不同。这种多样性要求使得审计工作变得复杂，难以满足所有利益相关方的期望。
内部审计职能的扩展
内部审计不仅包括对建设资金的使用和效果进行评价，还涉及对建设工程实施项目管理全过程的跟踪审计。这种扩展使得审计内容增大，审计人员面临的风险也随之增加。
审计环境的复杂性
工程项目涉及多个部门和环节，外部环境中的市场竞争和信息失实等因素也会增大审计风险。同时，建设单位内部的管理制度和人员素质也会影响审计风险。
审计技术与方法的局限性
现代审计方法本身存在缺陷，如审计抽样和分析性复核方法的应用会带来误差和风险。此外，审计人员的专业结构、知识、经验和能力有限，也会影响审计工作的质量。
被审计单位的不配合
被审计单位如果不积极配合，提供不真实或不完整的资料，审计人员将无法全面了解和发现被审计单位的问题，从而可能导致错误的判断。
合同管理问题
项目合同对关键性条款控制不严，如工程范围、内容、标准规定不明确，结算条款不细致，付款比例与有关规定不符等，都会给审计工作带来困难。
概算执行和设计管理问题
项目实施过程中不按照概算批复执行，擅自提高建设标准，扩大建设范围，设计变更办理不规范等，都会影响审计结果。
甲供材料和设备管理问题
甲供材料和设备的采购和发放如果不规范，也会影响工程质量和审计结果。
综上所述，工程审计问题存在的原因是多方面的，涉及审计方、施工方、各利益主体、内部审计职能、审计环境、审计技术方法、被审计单位配合程度、合同管理、概算执行、设计管理以及甲供材料和设备管理等多个环节。解决这些问题需要从完善审计制度、加强审计人员培训、提高审计质量、规范工程管理等多方面入手。
