生态系统工程原理主要包括以下几个方面：

整体性原理：

生态系统是一个复杂的系统，由许多不同的生物组成，它们相互作用并与环境相互连接。整体性原理表明，一个生态系统的各个组成部分是相互关联的，不能孤立地看待。在生态工程中，例如湿地恢复和修复，需要考虑植物、水质、土壤和鱼类的整体改善和协调。

稳定性原理：

生态系统的稳定性是指一个生态系统在面对外界干扰时，能够保持其结构和功能的能力。稳定性原理认为，一个生态系统的稳定性取决于其内部相互作用的稳定与外部环境的稳定两个因素。在生态工程中，可以通过增加植被覆盖、调整水流、建立适量的食物链等措施来增强生态系统的稳定性。

多样性原理：

生态系统的多样性是指生态系统中不同物种的丰富程度和多样性程度。多样性原理强调了生物多样性的重要性，认为一个生态系统的稳定性和功能都取决于其内部物种的多样性。在生态工程中，保护和增加生物多样性是一个重要的目标，通过创建适宜的生境、保护珍稀物种、控制外来物种的入侵等措施，可以增加生态系统的多样性。

物质循环再生原理：

生态工程应利用物质循环原理，通过系统的物质循环和再生能力，实现资源的可持续利用和环境的自净作用。例如，废弃物中的物质再利用，避免环境污染及其对系统稳定性和发展的影响。

协调与平衡原理：

生态工程需要实现生物与环境、生物与生物之间的协调与平衡。这包括生物适应环境的能力以及生物种群数量与环境承载力的平衡，避免系统失衡和破坏。

自然性原理：

生态工程应尊重和利用自然生态系统的自然规律，遵循自然生态过程，减少人工干预，实现人与自然的和谐共生。

综合性原理：

在实施生态工程时，需要综合考虑生态系统中的各种因素以及生态系统与人类活动的关系，进行综合管理和评价。

可持续性原理：

生态工程应遵循可持续发展的原则，既要改善生态环境，又要保障经济、社会和环境的长期发展，避免短期行为。

先进性原理：

在生态工程实施过程中，必须采用先进的技术和管理方法，提高生态工程的效益和可持续性。

这些原理共同构成了生态系统工程的基础，指导着生态工程的设计、实施和评估，以实现生态环境的改善和人类社会的可持续发展。