工程税之所以高，主要原因可以归纳为以下几点：

难以取得增值税专用发票

建筑业一般纳税人虽然适用11%的税率，但由于实际取得进项增值税发票环节存在困难，如上下游企业争夺材料购买权、专业承包建筑企业资质不足等，导致进项税额抵扣力度不足，实际税负较高。

人工费用高昂且无法抵扣

建筑业是劳务密集性行业，需要雇佣大量农民工，而工资支出不能抵扣进项税额，导致人工费用在总成本中占比较高，进一步增加了税负。

商砼砂石简易征收

商砼砂石通常按照简易征收3%抵扣，但由于历史原因和营改增政策的影响，建筑企业往往无法取得17%的专用发票，导致有效抵扣不足。

原材料卖方市场管理差

小城市及县城的建筑材料市场管理不规范，难以取得17%的专用发票，甚至3%的专票也很少，影响了进项税额的抵扣。

税制倒逼劳务公司整合困难

由于劳务公司整合涉及多方面的因素，如法律责任、用工管理、工资发放等，短时间内难以形成大量符合条件的劳务派遣公司，影响了进项税额的抵扣。

税收优惠及征管弱化

税收优惠政策的滥用和征管力度的不足，导致卖方市场问题凸显，一些企业通过非开票流转材料的方式避税，进一步加剧了税收负担。

无票支出较多

建筑企业面临大量无票支出，如处理公关关系、与包工头或个人合作等，这些支出没有相应的发票记录，导致账面利润虚高，企业所得税税负重。

成本核算不规范

部分建筑企业成本核算体系不健全，未能严格按照工程合同进行分项目核算，导致成本数据失真，进一步加剧了税负压力。

资质借用乱象

建筑行业内资质借用现象普遍，这不仅带来法律风险，还使得企业的税务处理更加复杂，影响了进项税额的抵扣。

综上所述，工程税之所以高，主要是由于进项税额抵扣不足、人工费用高昂且无法抵扣、原材料市场管理不规范、税制设计缺陷、税收优惠及征管弱化、无票支出较多、成本核算不规范以及资质借用乱象等多方面原因共同作用的结果。