在建工程抵押存在以下危害：

工程进度风险

如果工程建设过程中出现停工、拖延等情况，可能导致抵押物价值下降，影响抵押权的实现。例如，因资金链断裂、施工纠纷等原因导致工程无法按时完工。

价值评估风险

在建工程的价值评估较为复杂，可能受到多种因素影响，如工程设计变更、市场波动等。如果评估不准确，可能导致抵押权人面临损失。

优先受偿权冲突风险

在建工程可能涉及到多个债权人，如建筑商的工程款优先受偿权等，可能与抵押权产生冲突，影响抵押权人的优先受偿顺序。

工程质量风险

若工程质量存在问题，在后续处置抵押物时可能会遇到困难，或者需要额外投入资金进行修复，从而降低抵押物价值。

政策风险

比如房地产调控政策的变化，可能对在建工程的处置和价值产生影响。

权属风险

主要的风险包括权利主体是否明确、权属是否有纠纷、设定的土地面积是否界定清楚、土地的使用年限是否短于贷款期限等。

登记风险

抵押物只有在办理抵押登记后，贷款银行才是真正的抵押权人，才能享有优先受偿权。有的贷款银行可能擅自不办理抵押登记、公证和保险手续，当开发商不能履行合同时，会造成贷款风险。

重复风险

在建工程在办理了抵押登记后，仍然进行销售，并由另一家银行办理按揭，按揭款没有归还原该套房在建工程抵押的贷款额度，造成该套房产重复抵押，也会有贷款风险。

处置风险

在建工程处置时，会影响开发商形象和开发项目的形象，同时处置行为乃非公平市场行为，使得该项目的处置价值远低于市场价值，从而造成贷款不能全额收回的风险。

合同风险

建设部《城市房地产抵押登记办法》规定以在建工程抵押时，抵押合同的内容较多，很有可能签订无效合同。此外，抵押合同还应当载明一些重要内容，如果用一般的抵押合同，很可能导致在建工程抵押合同无效。

价值确定风险

在建工程抵押权范围不包括登记后在建工程上继续新增的层数和占用范围外的土地使用权。而在建工程，其实就是还没有完全竣工的工程，也就是说，银行所得到的抵押，它的价值是并没有完全确定的。

在建工程合法性风险

是否完成了一定的报建程序，即是否办理了规划局的“一书两证”和建设管理局的《建筑工程施工许可证》。此外，承包商垫资的风险也需要考虑。

法律风险

在建工程抵押的法律关系较为复杂，不确定因素较多，隐含较多的风险，如操作不当，很可能出现法律风险，造成信贷资产损失。

综上所述，在建工程抵押存在多方面的风险，包括工程进度、价值评估、权属、登记、重复、处置、合同、价值确定、合法性、法律等多个方面。因此，在实际操作中，应充分了解并评估这些风险，采取相应的措施进行风险防范。