工程结算之所以难，主要原因可以归纳为以下几点：

结算操作复杂

结算的具体操作难，因为工程结算是按时间付款还是按工程进度付款，一般未在合同签订时明确。招标文件和施工合同中未明确施工过程结算周期、价款支付时间、支付比例等内容，变更部分扣除比例及支付方式未在合同中做具体约定。

专业人才匮乏

目前项目上工程管理人员多为施工技术人员和预算员，对工程结算过程中清单的计量、索赔、变更以及合同管理知识甚少，制约了过程结算的顺利实施。项目要配备懂过程结算中的清单计量、索赔、变更、签证和法律知识的综合性人才。

认知局限

不管是建设单位、施工单位还是监管单位，对工程结算的理解还主要局限在工程完工后，过程结算不够重视。大量的资料文件，时间一长，发生纠纷取证难，审计慢。这导致中小企业被拖欠工程款，工程难做，材料商、设备商、农民工被拖欠工资，社会不稳定。

企业或项目主体故意拖延

企业或项目部有时故意拖延结算，想用时间换机会或用时间来掩盖项目亏损。只要没有最终结算，项目盈亏就不能盖棺定论，几年过去了，项目主要管理人员可能也升职了，这时候大家都会审度时势，也就没有人去深究原来项目的问题了。

合同条款存在法律欠缺

工程承包合同条款本身存在法律欠缺，实际中甲方处于强势地位，乙方处于弱势地位。在承包工程过程中，越早结算对承包方越有利。否则就是“人为刀俎，我为鱼肉”。

签证把握不当

施工单位管理不完善，一味地追求工程质量、进度而忽视了要钱的签证。前期投标为了中标，价格都是越低越好，最终低价中标，可是到了赶工期的时候，缺什么买什么。这个时候再想要盈利，只能靠各部门配合，再加上省下的材料费。若果工程赔了，干的再漂亮，也是不合格的。

层层转包和肢解工程

层层转包和肢解工程，使分包合同的法律约束力降低。每次转包都提取相应的费用，费用越低，相应的标准就低了，转包合同的法定约束力就会被人降低一次。

结算依据不明确

工程结算依据难以确定，主要表现为合同中双方对结算依据没有约定、约定不明确或约定不合理，以及在合同实施过程中双方未能商定结算依据而引发结算纠纷。

审核效力不明确

工程结算审核效力难以确定，主要表现为合同双方审定并确认工程结算后，一方反悔；发包方委托审核单位，承包方不接受；承包方委托审核单位，发包方不认可；到了法院，只能再委托鉴定单位。如此多方审核、重复审核，既浪费时间，又耗费人力、财力。

结算期限不明确

工程结算的期限难以确定，合同条款对实行中间分次结算，还是竣工后一次结算，以及结算期限没有约定；当事人对结算提出异议没有时间限制，对异议 的解决没有法定程序，导致工程价款审核无期限，造成工程价款长期无法确定。

综上所述，工程结算之所以难，是因为涉及多方面的复杂因素，包括合同条款的不完善、专业人才的匮乏、认知局限、企业行为、以及管理上的不足等。要解决这一问题，需要从完善合同条款、培养专业人才、提高认知水平、加强企业管理等多方面入手。