分包工程的计费方式有以下几种：

按工程量清单计价

根据分包工程实际完成的工程量，按照事先约定的单价进行计价。这种方式下，分包合同的价款会随着工程量的增减而相应变化。

按定额计价

依据国家或地方发布的定额标准，结合分包工程的实际情况，计算出分包工程的费用。定额计价通常包括人工费、材料费、机械费等。

按平米包干

按照分包工程的面积，结合单位面积的价格进行包干计价。这种方式适用于工程量相对明确、变化较小的工程项目。

按图纸及工程量清单所示的工程量计算

根据设计图纸和工程量清单中列出的各项工程量，计算出分包工程的总费用。

按实际完成的工程量计算

以分包工程实际完成的工程量为基础，结合合同约定的单价或综合单价进行计算。

按约定的单价计算

根据分包工程的具体内容，双方约定一个固定的单价，然后乘以实际完成的工程量得出总费用。

按约定的综合单价计算

综合单价包含了人工费、材料费、机械费等多项费用，按照这种单价计算分包工程的总费用。

成本加酬金计价

分包工程的成本由实际发生的费用确定，而分包单位的酬金则按照事先约定的比例或金额计算。

管理费

总包单位对分包单位在施工现场进行统一管理所产生的费用，通常以分包工程的价款为基数按百分费率收取。

配合费

工程发包方应向总承包方支付施工配合费，费用一般为分包工程造价（不含设备费）的2%-4%。

总包管理费

总包方向分包方收取的服务费用，标准可按分包总造价（不含设备费）的2%至4.5%协商确定。

选择合适的计价方式需充分考虑项目的实际情况、合同类型及市场环境，以确保计价方式的合理性和公平性。在实际操作中，分包工程的计价方式可能会结合多种方式，例如结合工程量清单和定额计价，以确保费用计算的准确性和合理性。