工程备案的开始时间主要取决于不同类型的工程和不同的法规要求。

建设工程竣工验收备案

根据《建设工程质量管理条例》第四十九条规定，建设单位应当自建设工程竣工验收合格之日起15日内，将建设工程竣工验收报告和规划、公安消防、环保等部门出具的认可文件或者准许使用文件报建设行政主管部门或者其他有关部门备案。

另外，《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》第四条规定，建设单位应当自工程竣工验收合格之日起15日内，依照本办法规定，向工程所在地的县级以上地方人民政府建设主管部门（以下简称备案机关）备案。

水利工程开工备案

按照《水利工程质量管理规定》（水利部令第52号）规定，项目法人应当自工程开工之日起15个工作日内，将开工情况的书面报告报项目主管单位和上一级主管单位备案。

施工合同备案

根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招投标管理办法》第四十七条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同；招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。订立书面合同后7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。

总结：

建设工程竣工验收备案：自工程竣工验收合格之日起15日内。

水利工程开工备案：自工程开工之日起15个工作日内。

施工合同备案：自合同订立之日起7日内。

这些规定确保了工程备案的及时性和规范性，保障了工程质量和安全管理。