启东市的工程审计主要包括以下几个方面：

项目前期阶段

审计建设项目的审批文件，包括项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复、建设用地批准、建设规划及施工许可、环保及消防批准、项目设计及设计图审核等文件是否齐全。

审计建设项目的资金来源是否落实到位，是否合理、是否专户存储，建设资金能否满足项目建设当年应完成工作量的需要。

施工阶段

审计合同履行情况，包括合同管理是否规范、合法有效，是否建立了质量管理制度，是否组织了设计与施工单位的设计交底。

审计内控制度建立及执行情况，监理单位是否有相应资格等级证书，所派监理人员是否有岗位证书，设计单位是否有承担相应资质勘测设计能力，施工单位是否有承揽相应施工任务的资质。

重点关注项目法人质量控制、监理工作、施工单位选择等方面。

工程交付后期

审计工程交付后的管网运行维护情况。

具体项目审计

对区域供水通久线给水工程进行审计，重点关注项目前期阶段征地拆迁手续履行，实施阶段招投标程序、施工、监理过程质量控制及材料检测各项流程，工程交付后期管网运行维护等。

对区域供水崇启线启隆增压泵站工程审计，重点关注增压泵站工程建设情况，包括围墙基础设计变更、原清单子目漏项等情况。

对中医院新建急诊内科大楼工程竣工决算审计，重点关注未结算工程的建设情况，包括签证程序的规范性、工程结算的准确性、工程变更的必要性等。

结算和资料审计

审计结算书、工程量计算书、现场签证、施工合同、竣工图、竣工资料、图纸会审记录、工程洽商记录、设计变更、业主施工指令、会议纪要、甲定乙供材料定价确认单、招标文件及其他结算资料。

其他相关审计

对高标准农田建设项目分片开展同步审计，实地对相关配套工程项目进行复核，促进提高资金使用效益。

这些审计内容旨在确保工程项目的合规性、资金使用的合理性和工程质量，从而保障公共利益和项目的顺利进行。