工程合同风险主要包括以下几个方面：

合同条文风险

条款模糊：合同中的关键条款表述不清，例如施工界面约定不明确，可能导致双方理解偏差，留下争议空间。

条款遗漏：如招投标清单漏项，可能给后续合同履行带来潜在的风险与不确定性。

权利义务失衡：合同条款过于偏向一方，损害另一方的合法权益，影响合同公平性与可执行性。

变更与调整机制缺失：缺乏灵活应对工程变更、成本调整等情形的条款，导致合同难以适应实际情况变化。

合同双方风险

信用与资质问题：合同双方（尤其是承包商）的信用记录、财务状况、专业资质等不符合要求，影响工程质量和进度。

沟通与合作障碍：双方沟通不畅，合作意愿不强，可能导致工程实施中的误解与冲突。

外部环境风险

政策与法规变动：国家法律、行业标准、环保政策等调整，可能增加工程成本或限制工程实施。

市场波动：材料价格、人工成本等市场因素的不确定性，影响工程预算与盈利。

其他风险

合同文本合法性风险：建设工程施工合同文本不合法，如未依法进行招投标及违反建设工程法定程序。

主体不合法风险：建设工程施工合同主体不合法，如未经合法注册或资质不符。

转包与分包风险：违反有关转包规定订立建设工程施工合同，或“黑白合同”引起的风险。

价款计价类型风险：建设工程合同价款计价类型选择不当，可能导致结算纠纷。

工程款支付风险：发包人拒不支付价款或拖延支付，影响承包人资金流转。

垫资工程风险：垫资工程的法律风险，如垫资额度、利息计算等。

材料价格风险：材料价格波动可能导致工程成本增加。

工程索赔风险：因工程变更、违约等原因导致的工程索赔风险。

质量风险：建设工程质量不达标，需承担维修义务、违约金等责任。

保修义务风险：建设工程经验收合格，施工单位需按合同约定及法律规定承担保修义务，拒不履行可能导致损失。

主体资格风险：合同主体资格不明确或存在缺陷，如小公司或包工头以大型建筑企业名义签订施工合同，可能引发责任承担问题。

合同签订过程风险：合同条款不严谨、计价标准模糊、工期约定不明、责任划分不清等，可能导致结算和履约纠纷。

为了有效防范这些风险，建议在签订和履行工程合同时，全面评估合同条款的明确性、公平性和合法性，加强合同双方的沟通与合作，及时应对政策与法规的变动，以及密切关注市场动态，合理分散和转移风险。