生物基因工程的主要专业和应用领域包括：

生物化学：

研究生物化学反应，包括酶的结构和功能、代谢途径、蛋白质合成和信号传导。

分子生物学：

研究生物分子，包括DNA、RNA和蛋白质。

细胞生物学：

研究细胞的结构、功能和生理。

遗传学：

研究基因和基因的遗传。

生物医学工程：

将工程原理应用于生物学和医学领域。

生物信息学：

使用计算机技术来分析生物数据。

植物生物学：

研究植物的结构、功能、生长、发育、遗传、分类和分布等。

动物生物学：

研究动物的结构、功能、生长、发育、遗传、分类和分布等。

微生物学：

研究微生物的结构、功能、生长、发育、遗传、分类和分布等。

环境生物学：

研究生物与环境之间的相互作用及其影响。

基因工程：

又称基因拼接技术和DNA重组技术，是以分子遗传学为理论基础，以分子生物学和微生物学的现代方法为手段，将不同来源的基因按预先设计的蓝图，在体外构建杂种DNA分子，然后导入活细胞，以改变生物原有的遗传特性、获得新品种、生产新产品。

细胞工程：

应用细胞生物学和分子生物学的理论和方法，按照人们的设计蓝图，进行在细胞水平上的遗传操作及进行大规模的细胞和组织培养。

微生物工程 （发酵工程）：采用现代工程技术手段，利用微生物的某些特定功能，为人类生产有用的产品，或直接把微生物应用于工业生产过程。

酶工程（生化工程）：利用酶的催化功能，在工业生产中实现高效、环保的化学反应。

蛋白质工程：

通过改变蛋白质的结构和功能，生产具有特定用途的蛋白质。

代谢工程：

通过调控生物体的代谢过程，提高生物体的生产效率和产物质量。

糖工程：

研究糖类的生物合成、代谢和转化，应用于食品、医药、化工等领域。

这些专业和应用领域展示了生物基因工程的广泛性和多样性，随着技术的不断进步，未来可能还会出现更多新的专业和应用领域。