发酵工程中常用的菌种主要包括以下几类：
细菌
枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）
大肠杆菌（Escherichia coli）
乳酸杆菌（Lactobacillus sp.）
链球菌属（包括嗜热链球菌和乳杆菌）
乳球菌属
醋酸杆菌（Acetobacter）
棒状杆菌（Corynebacterium）
短杆菌（Bacillus brevis）
节杆菌（Arthrobacter）
假单胞菌（Pseudomonas）
小球菌（Micrococcus）
放线菌
链霉菌属（Streptomyces）
小单孢菌属（Micromonospora）
诺卡氏菌属（Nocardia）
酵母菌
酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）
面包酵母（Saccharomyces pastorianus）
乳酸菌（Lactobacillus）
假丝酵母（Candida）
类酵母（Saccharomycopsis）
霉菌
根霉（Rhizopus）
毛霉（Mucor）
犁头霉（Absidia）
红曲霉（Monascus）
曲霉（Aspergillus）
木霉（Trichoderma）
青霉（Penicillium）
其他微生物
藻类
病毒
这些菌种在发酵工程中有着广泛的应用，例如在食品、饮料、生物制药、生物防治等领域。通过现代工程技术手段，利用这些微生物的特定功能，可以生产出各种有用的产品。
