工程财务管理中存在的问题主要包括以下几个方面：
财务管理能力先天不足
建筑行业项目分散，管理模式陈旧，缺乏专业人才，财务管理模式不专业，存在管理漏洞。
财务管理制度不够完善
建筑施工企业缺少系统的财务管理和机制支撑，财务管理长期处于修补状态，财务管理人员缺乏管理制度上的革新。
缺乏专业的管理工具
施工行业普遍缺乏专业的工程财务管理系统，导致财务管理仅停留在表面，无法提供深层次的财务数据分析。
工程财务管理粗放
工程管理者往往重视工程建设而忽略财务管理的重要性，财务会计在工程管理中难以发挥监督及决策支持作用。
资金管理分散
企业组织结构多点、线长，流动作业形式导致资金统一集中管理困难，资金分流现象严重。
工程成本管理弱化
成本管理缺乏科学的约束和控制机制，导致财务管理与经营管理脱节，影响工程成本控制。
财务管理衔接不到位
财务管理机构之间衔接不畅，原始发票缺失或票面金额不准确，影响资金用量准确计算。
资金管理不够规范
资金使用不透明，资金流向不清晰，导致资金使用效率低下，可能引发财务风险。
成本预算不够合理、成本预测不准确
成本预算和预测不准确会导致项目成本大幅超支，影响项目整体效益。
投资决策不清晰
投资方向不明确，投资回报率不清晰，导致项目盲目投资，带来投资风险。
税收风险管理不到位
税收政策不清晰，纳税风险不可控，给项目带来额外的财务负担。
伪造工程资料、隐匿证据材料
存在伪造技术联系单、签证单、施工日志等资料的舞弊行为，影响审计结果和项目成本。
重复计价、签证不规范
存在重复计价、签证内容不清晰、签证人权限不符等问题，导致项目成本虚高。
工程结算会计科目及账务处理不规范
工程结算会计科目及账务处理不规范，影响项目收入的准确核算和成本的合理归集。
综上所述，工程财务管理问题涉及多个方面，需要企业从管理制度、人才培养、管理工具、资金管理、成本控制等多方面进行改进和提升，以确保工程项目的财务健康运行和整体效益。
