工程尾款中存在的问题主要包括以下几个方面：
合同有效性问题
合同是否有效，是否具备法律约束力。
合同条款是否明确，是否存在歧义。
相对方的合同问题
对方是否存在违约行为，如未按时支付工程款。
对方是否具备履行合同的能力和条件。
工程结算方式及数额问题
工程量是否准确，是否存在纷争。
竣工决算时间是否合理，双方对决算结果是否有异议。
材料价格市场波动是否影响结算数额。
违约责任归属问题
违约责任的承担方是谁，如何划分责任。
违约赔偿的数额和方式是否明确。
诉讼时效问题
工程尾款的支付是否受到诉讼时效的限制。
如何有效主张和维护自身权益。
施工单位特殊保护问题
施工单位在尾款结算中是否有特殊保护条款。
如何保障施工单位的合法权益。
财务和税务问题
企业在年底面临大额尾款结算时，如何合理规划财务和税务。
进项和成本发票不足如何处理，以避免税负压力过大。
政策变动影响
国家政策变化是否会影响工程款的正常结算。
项目不能按时建设是否会导致工程款结算的延迟。
总包和分包争议
总包和分包之间在尾款结算上是否存在争议。
如何协调总包和分包之间的关系，确保尾款结算顺利进行。
建议：
在工程尾款结算过程中，建议双方充分沟通，明确合同条款，确保工程量、结算方式、违约责任等关键内容清晰明确。
及时处理诉讼时效问题，避免因时效问题影响自身权益。
注重财务和税务规划，合理规避税负压力。
关注政策变动，及时调整结算策略，确保工程尾款结算的顺利进行。
