工程付款需要准备以下资料：

合同文件：

包括建筑工程施工合同、设计合同、勘察合同等与工程有关的合同文件。

施工图纸：

由设计单位提供的施工图纸，包括平面图、剖面图等详细图纸。

技术规范和说明书：

施工过程中所需的技术规范和说明书，包括建筑材料的规格、使用方法等。

施工进度表：

详细记录了施工过程中各个阶段的进度和完成情况。

质量检验报告：

由专业检测机构出具的对施工质量进行检验和评估的报告。

进度报告或完工证明：

施工单位需提交详细的进度报告，包括已完成工作的百分比、实际完成情况与计划的对比等。如果是阶段性付款或最终付款，则需要提供完工证明，由监理工程师或相关部门出具的验收合格证明。

发票及相关税务文件：

为了确保付款的合法性，施工单位应当提供相应的增值税专用发票或其他正规发票。这些发票应当注明工程项目名称、合同金额、已付款额等信息。同时，根据国家税务法规的要求，可能还需要提供其他相关税务文件。

申请付款书：

施工单位需要填写申请付款书，明确指出本次付款的金额、用途以及对应的合同条款。申请付款书应当由项目负责人签字并加盖单位公章，以示其正式性和有效性。

变更订单或追加工程协议：

在工程实施过程中，可能会因设计变更、材料价格波动等原因产生额外的费用。这时，应当提供经过双方确认的变更订单或追加工程协议，以确保额外费用的合理性和透明性。

审计报告或财务报告：

对于一些大型工程项目，可能需要第三方审计机构对工程进度和财务状况进行审计。因此，提供审计报告或财务报告，可以帮助甲方了解工程的实际情况。

其他相关文件：

根据具体情况和合同要求，可能还需要提供其他相关文件，如工程变更通知单、现场签证单、材料审批单价、政府政策性调价文件等。

综上所述，工程付款需要准备的资料较为繁琐，但这些都是确保工程顺利进行和款项合法支付的重要依据。建议在实际操作中，施工单位应提前准备好这些资料，并在需要时及时提交，以确保付款流程的顺利进行。