基因工程作为一门跨学科领域，虽然在医学、农业和工业生物技术等方面具有巨大的潜力，但它也面临着一系列挑战和问题，主要包括：
伦理和道德问题
基因工程涉及对生命的干预，可能引发道德和伦理争议。
例如，基因歧视问题，人们可能因基因特征或缺陷而受到不公平对待。
生态风险
基因编辑生物体释放到自然环境中可能对生态系统造成不可逆转的影响。
基因污染问题，即基因通过杂交传递给野生种群，可能改变生态平衡。
社会影响和不平等
基因工程技术可能导致社会间的不平等问题，技术可能只被富裕国家或富人获取和应用。
技术和条件限制
基因操作技术复杂，条件要求苛刻，且基因变异可能导致不利后果。
成本问题
基因工程技术的研究和实施成本较高。
创新和自主性
许多国家和地区在基因工程方面的研究多依赖于模仿国外，缺乏自主创新。
产业发展不成熟
尚未形成社会化发展格局，生物技术企业往往需要独立承担从研发到销售的全过程。
研究分散和重复
国内存在大量低水平重复的研究和建设，导致研究力量分散。
产业化接轨机制不足
缺乏有效的资本市场和商业运作来加速基因技术的产业化进程。
软硬件不配套
企业管理和人员素质与先进设备不匹配，影响产品质量和硬件资源利用效率。
基因工程的发展需要在确保科学安全的基础上，充分考虑伦理、社会和环境因素，并制定相应的政策与法规来规范其应用
