工程索赔中应注意的问题包括：

索赔时效

索赔事件发生后，承包人必须在合同约定的时间内提出索赔。如果时效起算存在问题，可能会丧失索赔利益。

索赔损失额的计算

索赔损失额的计算需要合理且准确，包括直接损失、间接损失及预期利润等，并且需要附上相关的费用凭证和计算过程。

合同瑕疵导致的索赔

合同文件中的用词不严密、文件间相互矛盾等问题可能导致双方在签订合同时无法充分预见到各种因素对工程建设的影响，从而引发施工索赔。

意外风险和不可预见因素

地震、台风等自然灾害，以及施工中遇到的地下障碍物等，都可能导致工程变更，进而引发施工索赔。

工程项目建设承发包管理模式的变化

复杂的承发包关系中，任何一个合同的履行问题或管理不善，都可能影响工程项目的工期、质量和数量，从而引发各种索赔。

证据问题

索赔的成功与否很大程度上取决于提供的证据是否确实充分。承包人需要提供详细的合同文件、施工记录、工程变更指令、现场签证等来支持其索赔要求。

程序合规性

索赔必须按照合同约定的程序进行，包括提交正式的索赔意向通知和详细的索赔报告。如果程序不符合约定，可能会影响索赔的成功。

沟通与协商

在索赔过程中，与业主和相关方保持良好的沟通，积极协商解决分歧，争取达成双方都能接受的解决方案，可以提高索赔的成功率。

专业团队

组建专业的索赔团队，包括熟悉工程技术、合同管理和法律知识的人员，可以提高索赔的专业性和成功率。

法律法规支持

对于某些未在合同中约定的索赔事件，承包人可以根据法律法规主张权利，如停窝工损失、赶工补偿、额外措施费等。

综上所述，工程索赔是一个复杂的过程，涉及多方面的注意事项。承包人在进行工程索赔时，应充分考虑上述问题，并严格按照合同约定和相关法律法规进行操作，以确保索赔的顺利进行和成功。