转基因工程主要包括以下几种：

人工转基因：

将人工分离和修饰过的基因导入到生物体基因组中，引起生物体性状的可遗传修饰。这包括植物转基因和动物转基因，通过细胞融合、细胞重组、遗传物质转移、染色体工程技术获得，可以改变植物的某些遗传特性，培育出高产、优质、抗病毒、抗虫、抗寒、抗旱、抗涝、抗盐碱、抗除草剂等的作物新品种，以及通过基因工程技术将外源基因导入精子、卵细胞或受精卵，再生出转基因动物。

自然转基因：

非人为导向的转基因现象，例如慢病毒载体里的乙型肝炎病毒DNA整合到人精子细胞染色体上、噬菌体将自己DNA的插入到溶源细胞DNA上，农杆菌和花椰菜花叶病毒（CMV）等。

工程菌：

利用基因工程技术将繁殖速度快和具有超强分解能力的两种细菌进行重组，生产出能快速分解污染物的超级菌，用于环境治理。

基因治疗：

用正常的基因纠正错误的基因或者补偿缺失的基因从而治愈疾病的方法。

转基因动物：

研究集中在家禽家畜的品种改良方面，获得快速生长、品质优良的家禽和家畜，并利用转基因动物来生产药物和观赏。

转基因植物：

通过基因工程技术将外源基因导入植物基因组，改良植物品种，如抗虫、抗逆等，已知的转基因植物包括抗除草剂基因大豆、抗虫基因玉米、抗病毒基因油菜等。

医药转基因技术：

应用转基因技术生产重组疫苗、抑生长素、胰岛素、干扰素、人生长激素等。

工业应用：

包括纤维素的开发利用、食品工业和新型抗生素的生产等。

环保应用：

如生产能快速分解污染物的超级菌，用于环境治理。

能源和新材料：

转基因技术也在新能源和新材料领域有所应用，例如培养优质、高产、抗性好的农作物及畜、禽新品种，以及具有特殊用途的动植物。

这些应用展示了转基因工程在医疗、农业、工业、环保等多个领域的广泛影响和潜力。随着技术的不断进步，转基因工程将继续为人类社会带来更多的创新和福祉。