工程审计的主要工作内容包括以下几个方面：

项目立项与规划审计

审查项目立项的合法性和合理性，确保项目符合国家政策、法规及行业标准。

检查项目规划、设计方案是否符合技术标准和行业规范，是否科学合理。

资金与预算审计

核实项目预算的编制是否科学合理，资金是否充分，是否符合项目实际需求。

审查项目资金的使用是否严格按照预算执行，是否存在浪费、挪用或其他不合规行为。

检查合同条款中关于付款、结算等方面的支付是否符合约定。

合同与招投标审计

审查招标程序是否公开、公正，是否遵循相关法规及行业规范。

检查项目合同是否明确权责，合同条款是否公平合理，是否对项目目标和各方责任进行了充分约定。

施工过程中的审计

监控工程进度，检查是否按计划推进，是否存在延误或超期现象。

对施工质量进行审查，确保工程质量符合设计要求和国家标准。

检查项目过程中是否存在未经批准的设计变更或施工变更，是否存在不合理的索赔行为。

对施工过程中产生的费用进行审计，确保支出的合理性和合规性，避免工程款项的虚增或浪费。

验收与竣工审计

对工程竣工后的最终结算进行审计，确保结算金额的准确性与合规性，防止虚报、漏报情况。

进行质量验收与安全审计，确保项目质量和安全符合要求。

投资效益审计

评审投资效益等经济技术指标是否达到要求。

对投资项目的经营管理、营销状况等方面进行综合分析，评价项目投资的社会效益和经济效益。

其他相关审计

审查工程竣工图是否与实物相符，建安工程投资、设备投资、其他费用内容是否真实、准确。

审查工程“五制”执行情况，特别是工程施工、物资采购的招投标、合同管理是否严格按照国家有关程序进行。

审查交付使用的固定资产是否真实、完整，移交手续是否齐全、合规。

通过这些审计工作，可以确保工程项目的合法性、合规性、经济性及效益性，从而保障项目的顺利进行和资金的有效利用。