天然发酵工程主要包括以下几个方面的内容：
材料的预处理
包括原材料的选择和必要的物理、化学方法加工，例如培养基的制备过程，包括其配制和灭菌等。
生物催化剂的制备
生物反应的催化剂主要是酶，而酶基本上是由微生物产生的。
生化反应器及反应条件的选择与监控
生物反应器是进行生物反应的核心设备，生物反应主要是在生物反应器中进行的。需要选择合适的生物反应器并监控反应条件，如温度、pH值、通气量等，以保证微生物细胞或酶的最佳活性。
菌种的选育
根据不同的生产目标，选择适宜的发酵菌种，并进行菌种的培养和增殖，以确保菌种的健康和活力。
发酵培养基的设计和优化
根据发酵目标和菌种的需求，设计合适的发酵培养基，包括基础培养基的配方、营养元素的浓度和比例等，并对培养基进行优化，以提高发酵效率和产物产量。
扩大培养和接种
将经过预处理的菌种进行扩大培养，以达到适合发酵罐接种的菌体浓度，并进行接种操作。
发酵过程
在最适的发酵条件下，通过控制发酵罐中的环境参数，使微生物细胞或酶大量培养并产生代谢产物。
产品的分离提纯
发酵完成后，通过物理或化学方法将产物从发酵液中分离出来，并进行提纯，得到最终产品。
这些内容共同构成了天然发酵工程的主要技术流程，涵盖了从原料选择到最终产品生产的各个关键环节。
