工程审计中存在的风险主要包括以下几个方面：

项目前期阶段风险

立项合规性风险：项目立项是否符合相关政策、规划要求，有无经过正规审批流程。若立项手续不完善，可能导致项目后续推进存在合法性问题，甚至面临被叫停的风险。

可行性研究风险：对项目可行性研究报告的真实性、科学性需重点关注。部分项目可行性研究可能存在数据不准确、分析不到位的情况，使得项目实际建设中成本超支、效益未达预期等。

招投标环节风险

招标程序风险：查看招标公告发布是否合规、广泛，投标单位资质审核是否严格。若招标程序存在漏洞，比如未按规定时间发布公告，或者让不符合资质的单位参与投标，容易滋生围标、串标等不正当行为，破坏公平竞争环境，也影响工程最终质量与造价。

招标文件风险：审核招标文件条款是否清晰、合理，特别是对工程造价、结算方式、质量要求等关键内容的规定。模糊不清的条款往往会在后续施工和结算阶段引发诸多争议，增加审计工作的复杂性与难度。

合同签订与管理风险

合同条款风险：合同中关于工程价款调整、变更签证、违约责任等条款如果约定不明，双方容易在履行过程中产生分歧。例如，对于材料价格波动情况下如何调整价款没有明确约定，在材料大幅涨价时就易引发施工方与建设方的矛盾，也给审计认定带来阻碍。

技术风险

技术资料不完善、技术标准不统一、项目计划难以实施、设备难以采购等问题。

管理风险

人员管理不当、时间和成本控制管理不到位。

监管风险

监管体系的不完备和监管能力的欠缺，会导致工程质量无法保障，同时施工现场存在的安全和环保问题也无法得到有效的解决。

合同风险

合同条款存在争议、灰色地带不清等问题。

固有风险

假定不存在相关内部控制时，某一账户或交易类别单独或连同其他账户、交易类别产生重大错报或漏报的可能性。

控制风险

某一账户或交易类别单独或连同其他账户、交易类别产生错报或漏报，而未能被内部控制防止、发现或纠正的可能性。

检查风险

某一账户或交易类别单独或连同其他账户、交易类别产生重大错报或漏报，而未能被实质性测试发现的可能性。

环境风险

工程项目的复杂性和多变性导致审计难度增加。由于工程项目涉及多个阶段和大量不确定因素，使得审计人员在进行审计时难以全面、准确地掌握所有信息。

人员风险

审计人员的专业素质和职业道德水平也是影响审计风险的重要因素。如果审计人员缺乏必要的专业知识和经验，或者存在道德风险，就可能导致审计结论失真或遗漏重要问题。

利益主体风险

各利益主体对审计要求的多样性，导致审计的结论、审计的风险也不同。

审计职能扩展风险

内部审计职能的扩展，审计内容逐渐增多，审计人员需要承担更多的责任和任务，从而增加了审计风险。

审计环境风险

工程项目不同阶段的审计涉及企业的众多部门，审计环境复杂多变，审计人员难以全面了解和掌握所有情况。

综上所述，工程审计中的风险涉及多个方面，需要审计人员在实际工作中谨慎对待，并采取相应的措施进行风险管理和控制。