在中国，金融工程硕士课程在许多知名高校中都有开设，以下是一些推荐院校：

1. 清华大学五道口金融学院

2. 复旦大学经济学院

3. 上海交通大学安泰经济与管理学院

4. 南京大学商学院

5. 中山大学岭南学院

6. 北京大学光华管理学院

7. 中国人民大学金融学院

8. 西安交通大学经济与金融学院

此外，一些211国家重点综合性大学的经济学院也提供金融工程相关的研究生课程，例如兰州大学、新疆大学、海南大学和云南大学等。

在美国，金融工程硕士课程同样受到推崇，一些顶尖的院校包括：

1. Carnegie Mellon University（MS Computational Finance）

2. Columbia University（MS Financial Engineering）

3. Princeton University（MSE, Ph.D Operations Research and Financial Engineering 或 Master of Finance）

4. University of California, Berkeley（金融工程硕士项目）

5. Illinois Institute of Technology（MS Finance, MS Financial Markets）

这些建议基于不同时间点的发布信息，具体情况可能随时间而有所变化。建议在选择学校时，还需考虑最新的排名、课程设置、师资力量、实习机会以及就业前景等因素。