承包人在承包工程中可以申请的补偿主要包括以下几类：

因指令错误造成的损失

如果发包人发出错误指令导致承包人损失，承包人有权要求相应的赔偿。

图纸提供不及时造成的损失

若发包人未能按合同时间提供图纸，影响承包人正常施工，承包人可要求赔偿因此造成的损失。

开工或暂停施工的损失

因发包人原因导致工程延期开工或暂停施工，承包人有权要求顺延工程日期，并赔偿因此产生的停工、窝工等损失。

未履行告知义务造成的损失

如果发包人未完全履行告知义务，导致施工现场条件发生变化，承包人可要求相应的赔偿。

工程质量检验影响施工的损失

因对工程质量的检验影响施工正常进行，承包人有权要求赔偿因此造成的损失。

未按时支付工程预付款和进度款的损失

若发包人未按合同时间支付工程预付款和进度款，承包人有权要求赔偿因此造成的损失。

材料设备不合格造成的损失

如果发包人供应的材料设备不合格，承包人有权要求赔偿因此造成的损失。

发包人未提供施工场地、施工条件造成的损失

发包人未按约定提供施工场地和施工条件，承包人有权要求赔偿因此造成的损失，包括停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等。

工程设计变更导致的损失

若因工程设计变更导致工期延长，承包人有权要求相应的赔偿。

发包人工作失误造成的损失

因发包人工作失误导致损失，承包人有权要求相应的赔偿。

因发包人原因导致工程中途停建、缓建的损失

若因发包人原因导致工程中途停建或缓建，发包人应采取措施弥补或减少损失，并赔偿承包人因此造成的损失。

因发包人变更计划、提供资料不准确或未按期提供勘察、设计工作条件造成的损失

若因发包人变更计划或提供资料不准确，或未按期提供必需的勘察、设计工作条件，导致勘察、设计返工、停工或修改设计，发包人应增付费用。

物价上涨或货币贬值引起的损失

在合同履行过程中，若因物价上涨或货币贬值导致承包人成本增加，承包人有权要求相应的补偿。

综上所述，承包人在承包工程中可以根据相关法律法规和合同约定，申请多种类型的补偿。建议在实际操作中，承包人应详细记录和收集相关证据，以便在发生争议时能够有效维护自身权益。