生物工程是一个广泛的领域，涉及多个学科和专业方向。根据不同的分类方法，生物工程可以包括以下几种主要种类：
基因工程
涉及对生物体基因的转移、重组和修饰，实现对生物体遗传特性的改造。
包括转基因技术、基因编辑等。
细胞工程
研究细胞的培养、改造和应用，如细胞培养、细胞融合等。
目的是获得新的生物物种、品种或特种细胞产品。
微生物工程 （发酵工程）：关注微生物的发酵过程，包括生物发酵、生物制药等。
利用微生物的某些特殊性能来生产所需要的产品，如抗生素、酶等。
酶工程
（生化工程）：
利用酶的催化功能，借助工程手段将相应的原料转化成有用物质。
主要应用于食品工业、轻工业以及医药工业中。
生物反应器工程
研究如何设计和优化生物反应器，以大规模培养“工程菌”或“工程细胞株”，从而生产大量有用代谢产物或发挥它们独特生理功能。
蛋白质工程
通过基因重组等技术手段，对蛋白质的结构和功能进行设计和改造，开发出具有特定功能的新型蛋白质。
这一技术在生物医药、工业催化等领域有广泛应用。
生物材料工程
研究生物相容性材料的开发和应用，如生物可降解材料、组织工程材料等。
医学工程
应用生物学和工程技术手段，改造生命现象，应用于医疗领域。
农业工程
利用生物学原理和工程技术手段，改造植物和动物，提高产量和品质。
环境工程
利用生物工程技术进行环境保护和污染治理。
这些种类并不是孤立的，它们之间存在交叉和融合，共同推动了生物工程的快速发展。生物工程的应用领域非常广泛，包括农业、工业、医学、药物学、能源、环保等多个方面，为人类社会带来了巨大的经济效益和社会效益。
